Secuenciación del genoma mitocondrial completo con tecnología Nanopore de Atelopus spp. (Anura: Bufonidae), sapos en peligro crítico de extinción en Ecuador.

La biodiversidad está en crisis. Tomar decisiones hacia la conservación de esta especie y otras requiere datos e información basados en la ciencia. El cambio global es tan rápido que se sospecha que la mayoría de las especies estarán extintas o al menos en declive en las próximas décadas. Los bancos genéticos y las acciones regionales o nacionales para conservar hábitats amenazados a lo largo del área de distribución de estas especies son una prioridad entre las partes interesadas, la gente local y los responsables de políticas. Preservar estas especies es necesario debido a su rol ecológico en los ecosistemas y sus características únicas por ser linajes distintivos.

Los sapos Atelopus (Anura: Bufonidae) son endémicos de los Neotrópicos, ubicados principalmente en bosques tropicales y tierras altas a lo largo de Centro y Sudamérica. De acuerdo con la evaluación de la Lista Roja, estas especies están consideradas como en peligro crítico de extinción a nivel mundial. Debido a la distribución biogeográfica restringida de estas especies y las diversas amenazas identificadas a lo largo de su área de distribución, se espera que la población disminuya severamente en las próximas décadas. Ambas también están consideradas como especies "poco comunes", con registros dispersos de tres localidades en un área muy restringida.

Los sapos Atelopus han sido amenazados por la pérdida de hábitat, con declives documentados a lo largo de las últimas décadas. Esta especie también puede estar amenazada por fluctuaciones climáticas en las últimas décadas y por la Quitridiomicosis, una enfermedad emergente causada por el hongo Chytrid exótico en las poblaciones locales.

La tecnología Nanopore, cuyo acceso a equipos de bajo costo es una característica positiva de este tipo de dispositivo, especialmente en países en desarrollo. Además, utilizamos esta tecnología para la secuenciación en tiempo real en biomonitorización molecular para detectar especies invasoras o caracterizar toda la comunidad en el campo.

Secuenciar el genoma completo nos proporciona datos valiosos para detectar enfermedades genéticas o la expresión de genes motivada por el cambio climático o factores exógenos causados por la epigenética.

Nuestro objetivo es secuenciar el genoma mitocondrial de los sapos Atelopus para explorar la relación filogenética entre ellos y sus parientes. Las especies objetivo son principalmente consideradas como amenazadas de extinción, entre ellas seleccionamos A. balios, A. nanay, A. exiguus, A. palmatus, A. ignescens. En fases posteriores, incluiremos especies adicionales de Atelopus.